Il Palazzo dei X Savii fu costruito nel XVI secolo su progetto di Antonio Abbondi (1505-1549) detto anche “lo Scarpagnino” e fu sede del Ministero delle Finanze della Repubblica di Venezia. In quei tempi, l’edificio, conosciuto anche come Palazzo X Savii alle Decime, conservava il catastico di tutti i beni posseduti dai veneziani e da quelli che avevano domicilio a Venezia o nel dogado, ecclesiastici inclusi.
Fra il 1876 e il 1879 molti locali dell’edificio vennero concessi all’Archivio per contenere le carte che, a seguito dei continui versamenti, andavano aumentando soprattutto successivamente a lunghi negoziati con il governo austriaco che portarono alla restituzione di preziosi registri.
È nel 1925 che il Magistrato alle Acque prende possesso di questa sede trasferendovi gli uffici Centrali dell’Istituto da Palazzo ex Levi in calle della Passion, nel sestiere di Castello; il 18 luglio del 1925, su progetto dell’architetto Agostino Jacuzzi, inizia la totale ristrutturazione, con sopraelevazione di un piano, del cinquecentesco Palazzo dei X Savii.
L’intervento costò 3.050.000 lire e per far fronte al funzionamento dell’istituto vennero realizzati 110 locali distribuiti su tre piani.
Il piano nobile, nel quale vi sono ancora gli stemmi delle famiglie veneziane i cui membri hanno ricoperto le funzioni di Savii, venne destinato alle funzioni di maggior prestigio con gli uffici di Presidenza, affacciati direttamente sul Canal Grande e sul Ponte di Rialto, e l’ampio salone, finemente decorato con gessi, destinato alle sedute del Comitato Tecnico di Magistratura.